MSdial

1 使用MSDIAL软件将质谱数据转换为Excel表格

1.1 创建project

点击左上角file，点击New project

1.2 Project file path

质谱数据在哪个文件夹，这里就选哪个文件夹。

1.3 设置数据类型参数

Ionization type：LC/MS
Separation type：LC
MS method type：Conventional LC/MS or data dependent MS/MS
Data type：Profile
Ion Mode：POS/NEG
target omics：Metabolomics/Lipidomics
MSDIAL一次只能处理一种模式和一种组学。氧化磷脂组学只用处理负离子模式，脂质组学和代谢组学均需分别处理正负模式。设置好，点next。

1.4 导入数据

点Browse，弹出文件夹，显示空白，修改右下角的数据格式，选择.raw。导入序列中的监测QC、样品一级数据、QC二级数据。

1.5 修改样品类型

把样品的Type改成Sample，QC的Type改成QC，其他不用设置，默认即可。

1.6 Data collection

除了上图中标出的地方，其他设置默认即可。

1.7 Peak detection

正负离子设置不一样。相当于信号的门槛，超过门槛，峰才会被监测到。

1.8 Alignment

对齐文件：选择几个监测QC里居中的监测QC，这是建立在数据稳定的条件下进行设置的。如果数据稳定，那么这三个QC应该是稳定的，浮动不大的，所以我们就可以选择居中的QC来让所有数据进行一个对齐。
RT的容差：一般来说设置0.12min即可（表示整体数据的RT偏移最大值和最小值之间不会超过0.24），如果想要处理结果更精确，就按照数据整体趋势来定，如果RT偏移最大值和最小值没有超过0.2，那么这里设置0.1min。按照数据的质量来调整参数，会让处理结果更好。
MS1质量容差：0.08（固定）
其他设置默认